| Ellerhur förlag Handelsbolag | Uppsala | — |
| Ellesmera AB | Uppsala | — |
| Elliessence AB | Enköping | — |
| ELN-Konsult Handelsbolag | Uppsala | — |
| Elora by Elin AB | Vaxholm | — |
| E.L.S Anläggning-Maskin Kommanditbolag | Knivsta | — |
| E.L.S Produktion Kommanditbolag | Knivsta | — |
| Elton Ivis AB | Uppsala | — |
| Elvoro AB | Enköping | — |
| Elysium Capital AB | Sundborn | — |
| EMB Creative Works AB | Uppsala | — |
| EMC EL AB | Strömsbergs Bruk | — |
| Emissa Marketing AB | Uppsala | — |
| EMLA Energi Kommanditbolag | Uppsala | — |
| EmmaSelma Handelsbolag | Uppsala | — |
| Emma Sofia Fastigheter AB | Uppsala | — |
| EmpatiskArkitektur JEA Handelsbolag | Bålsta | — |
| Enabygdens Städ Handelsbolag | Fjärdhundra | — |
| Ena Nöjesservice Handelsbolag | Enköping | — |
| En Cue Labs AB | Uppsala | — |
| ENEL AB | Uppsala | — |
| Englunds entreprenad AB | Uppsala | — |
| Enköpings El & Elektronik Service Kommanditbolag | Enköping | — |
| Enköpings Hemmafint Handelsbolag | Enköping | — |
| Enköpings SK Fotboll AB | Enköping | — |
| E.Norberg måleri AB | Uppsala | — |
| ENQ & Company AB | Uppsala | — |
| Enreal Kungsängen 33:1 Kommanditbolag | Stockholm | — |
| Ensys Handelsbolag | Uppsala | — |
| Entrecon Mitt AB | Vattholma | — |
| Eolin Kommanditbolag | Sala | — |
| EO Performance AB | Uppsala | — |
| EPG Specialistläkare AB | Uppsala | — |
| ePIDS AB | Uppsala | — |
| EquiChic Handelsbolag | Uppsala | — |
| Equi Missio Handelsbolag | Enköping | — |
| Equisport Equipment Rental AB | Skutskär | — |
| Equita Talent Partner AB | Uppsala | — |
| Erbesons EFTR. Handelsbolag | Heby | — |
| EREMIT AB | Uppsala | — |
| ERF Redovisning AB | Uppsala | — |
| Erik Douhan konsult AB | Uppsala | — |
| Eriksson & Holst Handelsbolag | Uppsala | — |
| Eriksson & Levenfalk Handelsbolag | Östhammar | — |
| ERIKSSON & MAGNUSSON TECHNICAL COMPONENT Handelsbolag | Karlholmsbruk | — |
| Erixon Byggmontage AB | Tierp | — |
| Ermis Städ och Trädgårdstjänster Handelsbolaget | Knutby | — |
| Ernäs Konsult AB | Uppsala | — |
| Erslids Allservice AB | Alunda | — |
| ERTEK Fastighetsautomation AB | Uppsala | — |