| Ekholm & Wilhelmsson Handelsbolag | Vänge | — |
| Eklunda islandshästar handelsbolag | Harbo | — |
| Eklund Equestrian Handelsbolag | Örsundsbro | — |
| Ekö Åkeri Handelsbolag | Örbyhus | — |
| Ekodemos Handelsbolag | Uppsala | — |
| Eko Kemi Handelsbolag | Uppsala | — |
| Ekologisk pool i Uppland AB | Knivsta | — |
| EKO Missionen Handelsbolag | Uppsala | — |
| Ekonomibackup i Uppsala AB | Uppsala | — |
| EkonoMusika Handelsbolag | Uppsala | — |
| Eko Slöjd Norden Kommanditbolag | Uppsala | — |
| EKRO Invest AB | Uppsala | — |
| Ekstig Skolkonsult Handelsbolag | Uppsala | — |
| EKT-RÖR AB | Enköping | — |
| Ekudden Partner AB | Uppsala | — |
| E.K Vallning & Entreprenad AB | Ekolsund | — |
| Ekyl AB | Uppsala | — |
| Elastiq Data & Analytics AB | Storvreta | — |
| ELBA Legal AB | Uppsala | — |
| ELBE Fastighetsservice Handelsbolag | Storvreta | — |
| Elecmectrix Handelsbolag | Knivsta | — |
| Elemental Journeys handelsbolag | Uppsala | — |
| Elinder Economics AB | Länna | — |
| Elis Larsson Entreprenad AB | Örsundsbro | — |
| Elkraften-MS AB | Uppsala | — |
| Ella Trafikskola AB | Uppsala | — |
| Ellerhur förlag Handelsbolag | Uppsala | — |
| Ellesmera AB | Uppsala | — |
| Elliessence AB | Enköping | — |
| Ell Studio AB | Uppsala | — |
| ELN-Konsult Handelsbolag | Uppsala | — |
| E.L.S Anläggning-Maskin Kommanditbolag | Knivsta | — |
| E.L.S Produktion Kommanditbolag | Knivsta | — |
| Elton Ivis AB | Uppsala | — |
| Elvoro AB | Enköping | — |
| Elysium Capital AB | Sundborn | — |
| Emanuel Consulting AB | Uppsala | — |
| EMB Creative Works AB | Uppsala | — |
| Emissa Marketing AB | Uppsala | — |
| EMLA Energi Kommanditbolag | Uppsala | — |
| EmmaSelma Handelsbolag | Uppsala | — |
| Emma Sofia Fastigheter AB | Uppsala | — |
| EmpatiskArkitektur JEA Handelsbolag | Bålsta | — |
| Enabygdens Städ Handelsbolag | Fjärdhundra | — |
| Ena Nöjesservice Handelsbolag | Enköping | — |
| En Cue Labs AB | Uppsala | — |
| ENEL AB | Uppsala | — |
| Englunds entreprenad AB | Uppsala | — |
| Enköpings El & Elektronik Service Kommanditbolag | Enköping | — |
| Enköpings Hemmafint Handelsbolag | Enköping | — |