| DMS Roslagen AB | Östhammar | — |
| Docsek AB | Uppsala | — |
| Dofta Nu Karlholm AB | Karlholmsbruk | — |
| Doftlabbet AB | Stockholm | — |
| Dokumentär Information, Lundström & Normark Kommanditbolag | Uppsala | — |
| Domevista AB | Björklinge | — |
| Donald Ericsson Fastigheter Kommanditbolag | Uppsala | — |
| Donald Ericsson Fastigheter VII AB | Uppsala | — |
| Dotweb Solutions AB | Uppsala | — |
| Dovern Heli Tech AB | Karlholmsbruk | — |
| Downtheline handelsbolag | Uppsala | — |
| DOWTS AB | Uppsala | — |
| Dragetkliniken Handelsbolag | Enköping | — |
| Dragets Lantbruk Bröderna Johansson Handelsbolag | Uppsala | — |
| Dris Spel o Tobak Kommanditbolag | Uppsala | — |
| DriveFactory Performance Sweden AB | Bålsta | — |
| Drive Uppsala AB | Uppsala | — |
| Drivverk AB | Uppsala | — |
| DS Glow Clinic AB | Uppsala | — |
| DT Analytics AB | Uppsala | — |
| Duras Engineering AB | Enköping | — |
| DWD Holding AB | Knivsta | — |
| Dwellink International Kommanditbolag | Uppsala | — |
| Dykjobb Sverige AB | Uppsala | — |
| East-West Service Handelsbolag | Knivsta | — |
| Easy Kommanditbolag | Uppsala | — |
| EB ECOM Handelsbolag | Uppsala | — |
| EB Juridik Handelsbolag | Östhammar | — |
| EBS Digital Laboratory Solutions AB | Björklinge | — |
| Economia Uppsala AB | Uppsala | — |
| Economisto Kommanditbolag | Stockholm | — |
| EcoYield Solutions Sweden AB | Uppsala | — |
| Edaka Holding AB | Östervåla | — |
| Eda Temaki & Sushi Handelsbolag | Fjärdhundra | — |
| Edda Läkartjänst Handelsbolag | Uppsala | — |
| Eddins Ställningsmontage Handelsbolag | Uppsala | — |
| Eden Rock Scen & Event AB | Uppsala | — |
| Edwin Widerholm AB | Uppsala | — |
| Effektiv Organisation Med Hälsa Som Strategi Fjärstedt & Sundgren Handelsbolag | Björklinge | — |
| EffiStrat AB | Uppsala | — |
| EGEO Handelsbolag | Uppsala | — |
| EGLA Heart and Science AB | Uppsala | — |
| Eira Care AB | Uppsala | — |
| Eiram Kommanditbolag | Uppsala | — |
| Ekårep Handelsbolag | Uppsala | — |
| Ekaviken Förvaltning AB | Enköping | — |
| Ekblom träd och trädgård AB | Bålsta | — |
| Ekeby's Djurpraktik Handelsbolag | Uppsala | — |
| Ekeby Tandläkarmottagning Kommanditbolag | Uppsala | — |
| Ek Entreprenad i Bålsta AB | Bålsta | — |