| Stage2Light AB | Uppsala | — |
| Stahleco Holding AB | Uppsala | — |
| Stall Altuna Kommanditbolag | Uppsala | — |
| Stall Fly me Home Handelsbolag | Arlmunge | — |
| Stall NW AB | Bälinge | — |
| Stall Tipp Topp Handelsbolag | Uppsala | — |
| Starbo IT AB | Uppsala | — |
| State of Matter AB | Uppsala | — |
| Statistikkällan Uppsala Handelsbolag | Uppsala | — |
| Stavby Transport AB | Alunda | — |
| STEFAN PERSSON & CO HANDELSBOLAG | Björklinge | — |
| Stella Advokater AB | Uppsala | — |
| Stellia Invest AB | Uppsala | — |
| Stemma Konsult Handelsbolag | Uppsala | — |
| Stenham Akela AB | Uppsala | — |
| Stens smått å gott AB | Uppsala | — |
| Sterra Fastigheter AB | Uppsala | — |
| Stilla Hus Förvaltning AB | Uppsala | — |
| Stjernquist & Källström Kommanditbolag | Uppsala | — |
| Stockholm Social Club AB | Stockholm | — |
| Stockholm Syndrome Film AB | Uppsala | — |
| Stora Almby förvaltning handelsbolag | Vänge | — |
| Stora Almby Gård Handelsbolag | Vänge | — |
| Stora Kils Förvaltnings Handelsbolag | Vänge | — |
| Storepoint AB | Uppsala | — |
| Stovos AB | Uppsala | — |
| Stragar AB | Sundbyberg | — |
| Strajnic Team-Handelsbolag | Mariestad | — |
| Strandh-Klefbeck Media Kommanditbolag | Uppsala | — |
| Stranding Konsult AB | Uppsala | — |
| Strands asfalt & mark AB | Björklinge | — |
| Studac AB | Uppsala | — |
| Studio Lindén AB | Bälinge | — |
| Sugar Rush AB | Uppsala | — |
| Sundbro Ekonomikonsulter Handelsbolag | Bälinge | — |
| Sundgren People & Culture Consulting AB | Uppsala | — |
| Sunnanvind Handelsagentur AB | Storvreta | — |
| Sunnersta Bostadsförvaltning Handelsbolag | Uppsala | — |
| SurfSwap AB | Uppsala | — |
| Svarta Boxen Kommanditbolag | Uppsala | — |
| Svartarbo Handelsbolag | Björklinge | — |
| Svartbäckens Mattvätt Handelsbolag | Uppsala | — |
| Svartbäckens Privatpraktik Handelsbolag | Uppsala | — |
| SVART PÅ VITT JOURNALISTIK Handelsbolag | Uppsala | — |
| Svart sax AB | Uppsala | — |
| Svava Tobak Handelsbolag | Uppsala | — |
| SVCS Service AB | Almunge | — |
| Svea El Kommanditbolag | Uppsala | — |
| Svenska Egendomsmäklarna Jord och Skog Handelsbolag | Björklinge | — |
| Svenska Industristaden Uppsala AB | Nacka Strand | — |